Штатная десериализация .net всегда создает граф новых объектов. Это не всегда удобно.

• Например если объекты содержат несериализуемые данные, открытые хэндлы и прочее.
• Объекты не попадающие в сериализацию могут иметь ссылки на зачитываемые объекты и т.п. Особенно это актуально, если ваша сборка используется еще кем то, и вы не можете решить все подобные случаи при помощи правильного дизайна.
• И в конце концов, ради небольшого Undo полностью пересоздавать объекты нерационально.

Поиск не дал готового ответа. Есть не самые простые решения с использованием protobuf и прочих сторонних сериализаторов, но это не всегда применимо.

Задача в целом несложная, и мое решение не является чем то выдающимся, но с другой стороны, тем кто впервые столкнется с похожей проблемой — будет проще.

В моих инсталяциях есть определенный набор файлов, который повторяется в разных продуктах/версиях продукта.

Естественно я сделал его в виде подключаемого файла для сборки в wix. Получилась ситуация что часть модулей в различных инсталяциях имеет одинаковый ComponentId.
Вроде как это допускается, поскольку у продуктов разный ProductId/UpgradeCode, а отслеживание компонентов ведется по связке ProductId.ComponentId. Это специально уточнялось в свое время в одном из блогов разработчика Wix.

Через некоторое время, от тестеров начали сыпаться нетипичные баги, в большинстве случаев выявлялась проблема с обновлением модулей из этого повторяющегося набора.